岸本組は初代組長である岸本才三が立ち上げた組織。岸本は兵庫県神戸市の出身で、戦後に神戸市交通局へ入庁して公務員となった。1955年に三代目山口組『中山組』の中山一美組長の舎弟となり、山口組入り。のちに中山組舎弟頭となる。神戸市を1960年代前半に退職するまでヤクザと公務員という二足の草鞋を履き続けた。

1973年に中山一美が引退すると岸本は三代目山口組組長の田岡一雄から盃を受け、中山組と入れ替わる形で三代目山口組の直参となった。1984年に発足した四代目山口組で本部長兼若頭補佐に抜擢された。

四代目山口組組長の竹中正久が暗殺された後、一和会との抗争が終結に向かうと、岸本は宅見勝（宅見組組長）らとともに五代目山口組組長に渡辺芳則（二代目山健組組長）を推し、1989年に渡辺は五代目を襲名。岸本は発足した五代目山口組で総本部長に就任し、山口組の最高幹部として辣腕を振るった。

1997年08月に神戸のホテルで発生した『宅見若頭射殺事件』では、五代目山口組副本部長の野上哲男（二代目吉川組組長）と一緒に宅見勝と同席していたが、辛くも難を逃れた。一説には中野会のヒットマンに「岸本は撃たんでいい」という指示が出ていたという。

1997年02月に五代目山口組舎弟頭の益田啓助（益田啓組）が引退していて、若頭と舎弟頭が不在になると、岸本は総本部長兼若頭代行兼舎弟頭代行となり、本家の三役を一人で担った。

2005年に六代目山口組が発足すると六代目山口組最高顧問となり、執行部から退いた。2007年10月、岸本は引退。2014年01月、岸本は死去。享年85歳。

岸本組からは1989年に副組長だった花川勝（花川組組長）、1991年に舎弟だった古庄三郎（古庄組組長）、1998年に副組長だった毛利善長（毛利組組長）、2005年に舎弟だった落合勇治（二代目小西組組長を継承して）が山口組の直参に昇格している。



ハロウィンで子供たちにお菓子を配る六代目山口組慶弔委員の清水武二代目岸本組組長

清水武は1945年02月18日生まれ。若い頃から岸本組で活躍し、後に岸本組の本部長を務め、自身でも清水組を立ち上げて組長に就任した。1986年、山一抗争で清水の組員が対立する一和会の組員を銃撃し、清水は首謀者とみなされ懲役7年の実刑判決を受けて服役した。

出所後に岸本組若頭に抜擢され、本家の任務で多忙な岸本才三に代わって岸本組を切り盛りした。2007年10月に岸本が引退すると、若頭の清水が二代目岸本組組長を継承。六代目山口組の直参となり、六代目山口組総本部当番責任者に起用された。2014年には六代目山口組慶弔委員に任命される。

2012年05月、清水は暴力団員であることを隠して兵庫県にある十数箇所のゴルフ場で数十回ゴルフをプレーしたとして逮捕され、同年07月にも山梨県内のゴルフ場でゴルフをプレーしたとして詐欺の容疑で逮捕されている。

2015年08月末に六代目山口組が分裂すると、清水率いる二代目岸本組は神戸山口組の結成に参加すると見られていたが、神戸山口組には加わらなかった。神戸市内にある六代目山口組の直系組織は岸本組のみとなった。

2016年03月、大阪府堺市にある六代目山口組『二代目岸本組』傘下『二代目古庄組』の組事務所に車が突っ込む事件が発生。神戸山口組『四代目山健組』傘下『二代目宝満組』組員らが逮捕された。

2016年04月には兵庫県神戸市にある神戸山口組『四代目山健組』傘下『志闘会』の組事務所にダンプカーが突っ込む事件が発生し、二代目岸本組系の組員らが逮捕された。

2016年08月、二代目岸本組幹部の二代目清水組組長（51）が自宅で不審死する事件が発生したが、山口組分裂に伴う抗争とは関係ない事件として処理された。

清水は糖尿病を患っていて、2016年の初頭には肺がんも見つかり、入退院を繰り返していたとされる。2017年11月15日、病気の為に死去。享年72歳。